尼山原名尼丘山，位于曲阜东南30公里，主峰海拔340米。山下鲁源村即《史记》所谓“陬邑昌平乡”，为孔子父亲叔梁纥生前封邑所居之地。孔子父母曾“祷尼山而得孔子”，故取名 “丘”字“仲尼”，后世避圣人名讳，遂称“尼山”。
尼山孔庙建筑群位于尼山东南麓，背负尼山主峰，前瞻沂水大川。尼山有庙始见于北魏，原为奉祀孔父叔梁纥的专祠，五代后周显德年间（954年－959年）以尼山为孔子发祥地，始建庙宇主祀孔子。元至元二年（1336年），中书左丞王懋德奏请在尼山创建书院，宋、金、元、明、清均加重修扩建，清道光二十九年（1849年）形成现存规模。尼山书院有殿、堂、门、亭等建筑27座81间，分东、中、西三区。中区有大成殿、寝殿、两庑；东区有讲堂、土地祠；西区有启圣王殿、启圣王寝殿和专祀尼山神的毓圣侯祠。整个建筑占地16000平方米。1977年公布为省级重点文物保护单位，2006年公布为全国重点文物保护单位。

夫子洞：（坤灵洞）：
相传为孔子出生处。孔子父亲叔梁纥为鲁国郰邑大夫，娶颜氏女徵在为妻，颜徵在母家为尼山东南的颜母庄。关于夫子洞有两种传说：一说颜徵在在回家的途中临产，急切中将孔子产于此洞中；一说孔子生来丑陋，其父将其遗弃，后被老虎衔入洞内喂养。天气炎热，老鹰用翅膀为孔子扇凉。所以又有“凤生虎养鹰打扇”的美谈。夫子洞汉代时名孔渎，金代名坤灵洞。今洞深约三米。南侧一块石形如石床，床上高出一块形如石枕。

观川亭：
位于尼山孔庙东南隅，东临沂水，相传孔子曾在此观川感叹。《论语·子罕》记有“子在川上曰：‘逝者如斯夫，不舍昼夜’”。他以川水象征时光的流逝――人会很快老去，应该争朝夺夕象江河那样不舍昼夜地努力，及时奋进。此亭始建于金代，今亭为清代重修。

尼山孔庙大门：

尼山孔庙的第一道大门，为三间四柱冲天柱式石坊，额坊刻“棂星门”三字，建于清道光年间。

尼山孔庙大成殿：
清代建筑，殿五间，阔18.57米，深10.57米，单檐黄瓦歇山顶，四柱前后廊式木架，前出廊，擎檐为八角形石柱，遍镌小幅云龙，檐下用五踩重昂斗拱。室内中置神龛，供孔子塑像，东西两侧以颜回、曾参、子思、孟子配享，也为塑像，外罩神龛。大成殿旁东西两庑为清代建筑，各五间，五檩四柱前后廊式木架，灰瓦悬山顶，长18.43米，宽8.04米，供奉十二哲及七十二贤木主。

尼山孔庙寝殿：
清代建筑，殿五间，七檩四柱前后廊式木架，前出廊，黄瓦悬山顶，长12.4米，宽8.08米。殿内原奉至圣夫人亓官木主。两侧为东西庑各三间，七檩四柱前后廊式木架，灰瓦悬山顶，长12.4米，宽8.08米。原祀孔氏二世祖伯鱼及三世祖子思木主。

讲堂：
尼山孔庙东区主房，三间，虽名为讲堂，但并不从事讲学活动，只供祭祀前习礼和祀后宴饮之用。讲堂后为土地祠，用来供奉尼山土地神位。

毓圣侯祠：
清代建筑，祠三间，是奉祀尼山之神的专祠。宋皇佑二年（1050年）仁宗以“兖州泗水县尼丘山崇岗秀阜，云雨所出”，“挺毓睿哲，为万代师”，封尼山神为毓圣侯，并建专祠奉祀。

尼山孔庙启圣王殿：
祭祀孔子父亲叔梁纥的地方。清代建筑，殿五间，七檩四柱前后廊式木架，前出廊，无斗拱，绿瓦歇山顶。长15.45米，宽8.53米，殿内原祀启圣王木主。

尼山书院：
位于尼山孔庙东北隅，原为尼山书院学录的办公处所。元至元二年（1336年），中书左丞王懋德奏请在尼山创建书院，并保举彭璠为山长，创建尼山书院。元朝末年，尼山书院败落，至明永乐十五年（1417年）有五十九代衍圣公孔彦缙发起重修，弘治七年（1494年）六十一代衍圣公孔弘绪、四氏学学录孔公璜再次修建。