孔子庙是奉祀孔子庙宇的统称，按照其性质，其实应该分作孔子本庙、文庙、纪念孔子庙、书院孔子庙和孔氏家庙五类。孔子庙发端于战国，奠基于汉代。
孔子本庙
世界上的第一所孔子庙就是曲阜的孔子本庙。公元前479年，孔子赍志而终，弟子们安葬孔子后，将孔子生前使用过的衣、冠、琴、车、书陈列在孔子故居内，使孔子故居变成了纪念馆，这也是世界上第一所名人纪念馆性质的博物馆。后来，孔子故居又由纪念馆改成了祭祀的庙宇。
史料记载，鲁哀公十七年孔子故宅改作庙宇。其实，孔传说的是设立孔子庙的时间，司马迁说的是故居改作庙宇的时间，这两个时间是不能综合的。孔子故宅改为奉祀孔子的庙宇应该在子思去世时即周威烈王二十四年（公元前402年），最晚也不会超过次年。这样推测才符合司马迁“后世因庙”的记载。
孔子本庙从汉代开始受到国家的保护。受汉高祖刘邦亲临祭祀（在高祖十二年十一月，即公元前195年）的影响，“诸侯卿相至，常先谒而后从政”，汉武帝罢黜百家、独尊儒术后，孔子庙更受到重视。历朝历代扩建孔子庙，至明代奠定规模，清代达到鼎盛。南北全长1300多米，占地面积13万多平方米。建筑100多座，建筑面积16000多平方米。不论是庙制规模还是建筑体量，曲阜孔子本庙都是世界孔子庙之最。
曲阜孔子本庙的名称，唐以前多称孔子庙或夫子庙，唐开元二十七年（739年）加封孔子为文宣王后称为文宣王庙，宋大中祥符五年（1012年）改封至圣文宣王后称至圣文宣王庙，简称宣圣庙，清雍正七年（1729年）皇帝钦定为至圣庙。至圣庙就是曲阜孔子本庙的正式名称。
文庙
文庙是指建造在各级国立学校内的孔子庙。汉代开始，并没有专门的奉祀建筑。国家明令国立地方学校建造孔子庙是从北齐开始的，“后齐制：新立学，必释奠，礼先圣师。……郡学则于坊内立孔颜庙一所”[1]，将国立学校孔子庙推广到郡级学校。
唐代是国立学校孔子庙的第一个大发展时期，唐贞观四年{630年}，令州县学校皆建孔子庙，将孔子庙推行到全国各地，确立了各级国立学校皆建孔子庙的制度。当时全国州县学校孔子庙大约有1000所。
宋代是学校孔子庙的第二个大发展时期,地方学校孔子庙更加普及。北宋末年，金兵南下，学校和孔子庙遭到严重破坏，南宋绍兴十二年、十八年相继下令恢复州县学校，南宋境内被破坏的孔子庙大多得到恢复。
明朝是学校孔子庙的兴盛期。朱元璋是对孔子及其后裔最为优待的皇帝。到洪武末年，地方学校达到1033所。到明朝末年，全国大约有地方学校1560所。
学校孔子庙到清代达到鼎盛。满族贵族入主中原后，深知必须依靠儒家思想治理天下，到嘉庆年间，学校孔子庙达到1710所，其中新增了151所。到清朝末年，学校孔子庙达到1740多所。
国立学校孔子庙的名称，早期有夫子堂、宣尼庙、孔子庙、孔颜庙等名称，唐玄宗追谥孔子为文宣王后改称文宣王庙，宋代以后随孔子封号称至圣文宣王庙、大成至圣文宣王庙，简称宣圣庙，明清时一律称文庙。
孔氏家庙
孔氏家庙是孔子后裔主祀的庙宇，可以分作两类：一类是国家为流寓的孔子长孙建造的，一类是流寓外地的孔子后裔自己建造的。
国家为流寓的孔子长孙建造的家庙始于东晋。太元九年，东晋建造了国子学孔子庙，国子学“在江宁县东南二里御街东一百步右御街东，东逼淮水，当时人都呼为国子学。西有夫子堂，画孔子及十弟子像”[2]，国子学已有孔子庙，这座宣尼庙就是孔子长孙的家庙。
不仅在南朝，在北朝，京师也为孔子后裔建造了一所家庙。大象二年（580年），后周静帝追封孔子为邹国公，“并立后承袭，别于京师置庙，以时祭享”[3]，在后周京师长安（今西安）建造了另一所孔氏家庙。
隋统一全国后，承认北宗为孔氏正宗，解决了南北两宗分立的局面，这两所孔氏家庙其后未见记载，可能都废除了。
宋绍兴六年（1136年），朝廷令以衢州学校孔子庙权作孔氏家庙奉祀，宝祐三年（1255年）始创建独立的孔氏家庙。孔端友南渡后，伪齐刘豫和金相继封孔端友之侄孔璠为衍圣公，子孙孔拯、孔捴、孔元措、孔浈等袭封。明正德元年（1506年），封南宗长孙孔彦绳为翰林院世袭五经博士，南宗家庙奉祀有主，一直保存到现在。
而流寓外地的孔氏族人，不忘祖先，纷纷自建家庙奉祀。孔氏家庙遍及全国各地。十八世纪，朝鲜孔氏也在国王的支持下在华城郡建造了家庙阙里祠。
书院孔子庙
书院孔子发端于北宋，流行于宋元，发展于明代，盛行于清代，但就孔子庙规模来说，仍以宋元为最。
国立学校建造孔子庙的目的除表明国家推崇儒家思想、尊重传统文化外，另一个重要目的就是对受教育者进行成圣成贤的品德教育，受国立学校的影响，书院也仿照国立学校建造奉祀孔子的建筑，于是书院孔子庙就出现了。
从文献记载看，最早建造奉祀孔子建筑的是湖南长沙岳麓书院。虽没有庙宇建筑的记载，但是春秋释奠，而且已经塑像画像，就说明有了固定的祭祀场所，这就可以称作孔子庙了。
宋元时期，书院流行建造孔子庙。白鹿洞书院在咸平五年（1002年）“塑宣圣十哲之像”[4]进行祭祀，虽然没有提到孔子庙，既然已经塑像就应该有奉祀的建筑。大中祥符二年（1009年）始建的应天府书院是“前庙后堂”，元至大二年（1309年）初建的南阳诸葛书院是武侯祠“祠之东为孔子庙，庙之后为学”[5]，都建有孔子庙。
明清是书院的大发展时期，但是书院孔子庙并没有随之大发展，书院孔子庙并不普及，规模也逐渐缩小。
书院孔子庙没有统一的名称，如，白鹿洞书院曾名礼圣殿、白鹭洲书院称文宣王庙。尽管各地书院祭祀孔子的建筑名称不同，都应该将它们泛称为书院孔子庙。
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